Per farlo bastano poche righe di codice, qui di seguito propongo una semplice funzione per farlo nel modo migliore:
<script type="text/javascript">
function KpPopup(url,title,width,height) {
  var w = width; var h = height;
  var l = Math.floor((screen.width-w)/2);
  var t = Math.floor((screen.height-h)/2);
  window.open(url, 'nuovaFinestra', 'width=' + w + ', height=' + h + ', 
  top=' + t + ',left=' + l + ',scrollbars=yes,status=yes,menubar=yes,toolbar=no')
 }
La funzione dispone di 5 parametri:
url: indica l'indirizzo del popup che si vuole aprire
title: Il titolo della popup
width: Serve per impostare la larghezza del popup
height: Imposta l'altezza del popup
Per utilizzarla basta assegnare la funzione ad esempio ad un evento del mouse:
Così facendo cliccando sul link si aprirà il popup.